生信分析Rstudio中Giotto包的安装与python路径配置的笔记

2023-07-01 18:27| 来源: 网络整理| 查看: 265

Giotto是一个面向空间转录组数据的R包，最大的优势是与空间信息紧密结合，但由于是基于Python构建的R包，给像我这样的初学者带来很大的麻烦。

首先第一步不是装包，而是检查和配置Rstudio中的python安装路径。

一，配置路径

先打开cmd，输入

where python

会告知电脑中的python位置。

然后在Rstudio中配置python路径，因为R好像有一个低版本自带的r-miniconda，可能默认路径不是上述的python位置。

在Rstudio中安装一个适配python的包reticulate，再配置路径

library(reticulate) Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "D:/software/anaconda/python.exe")#输入自己的python路径 use_python("D:/software/anaconda/python.exe")

重启Rstudio，判断是否配置成功

library(reticulate) py_config() python: D:/software/anaconda/python.exe libpython: D:/software/anaconda/python310.dll pythonhome: D:/software/anaconda version: 3.10.9 | packaged by Anaconda, Inc. | (main, Mar 1 2023, 18:18:15) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] Architecture: 64bit numpy: D:/software/anaconda/Lib/site-packages/numpy numpy_version: 1.23.5 NOTE: Python version was forced by use_python function

说明成功了。

二，python包安装

接着安装python所需要的包，用pip安装即可，Giotto中说需要安装:

Required python modules: - pandas - python-igraph (igraph) - networkx - leidenalg - python-louvain (community) - smfishHmrf - python.app (!!OSX only!!) - scikit-learn

直接安装就ok，需要注意是安装在了对应python环境下

pip install pandas python-igraph networkx leidenalg python-louvain smfishHmrf scikit-learn

三，Giotto安装

Giotto的安装很简单，按照官网的来就行

library(devtools) # if not installed: install.packages('devtools') library(remotes) # if not installed: install.packages('remotes') remotes::install_github("RubD/Giotto") # compilation problems (gfortran)? # this version does not require C compilation remotes::install_github("RubD/Giotto@cless")

对了，好像还遇到一个问题，就是要求对应的语言必须要是英文，需要在R中修改一下

Sys.setenv(LANG = "en_US.UTF-8") # 将语言环境设置为英文（美国）

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